ТАРГЕТНАЯ ТЕРАПИЯ В МГЦ ГЕНОМЕД

Информация об исследовании

Тест Онкоскан предназначен для полногеномного анализа числа копий генов и хромосомных сегментов (copy number variation, CNV) и выявления участков с потерей гетерозиготности (loss of heterozygosity, LOH) в клетках опухоли. Крупные делеции и амплификации участков хромосом, затрагивающие большое количество генов (в том числе онкогенов и онкосупрессоров), лежат в основе драйверных механизмов канцерогенеза при различных типах рака. Потеря гетерозиготности отдельных генов, таких как, например, BRCA1 и BRCA2, также является важным фактором развития опухоли, например, в случае рака молочной железы.

Информация о наличии в опухоли CNV и участков LOH, их количество, протяженность и генный состав могут помочь врачу оценить или уточнить прогноз развития заболевания, а также принять решение о выборе оптимальной противоопухолевой терапии. Так, например, при наличии в опухолевых клетках молочной железы амплификаций гена ERBB2 (Her2/Neu) препаратом выбора может быть трастузумаб. Другим примером может служить амплификация гена MET при немелкоклеточном раке легкого, которая приводит к резистентности опухоли к препаратам-ингибиторам тирозинкиназы EGFR.

Преимущества теста Онкоскан:

• полногеномный анализ числа копий генов и хромосомных сегментов, а также участков с потерей гетерозиготности;
• для анализа требуется всего 80 нг ДНК;
• анализ может проводиться на образцах с сильно деградированной ДНК;
• анализ эффективен для любого типа солидной опухоли;
• высокая разрешающая способность:

ü  50-100 тысяч нуклеотидов для 900 генов, ассоциированных с развитием опухоли;

ü  300 тысяч нуклеотидов для всех остальных участков ДНК;

• широкий динамический диапазон, позволяющий количественно характеризовать участки хромосом, представленные 10 копиями и более;
• выявление участков с потерей гетерозиготности при нормальной копийности генов в рамках полного генома;
• доказанная конкордантность результатов по выявлению амплификаций в ключевых опухолевых генах (таких как ERBB2 (Her2/Neu), EGFR, MDM2, MYC, FGFR1) между тестом Онкоскан и методом FISH (fluorescence in situ hybridization).

В основе диагностики с использованием теста Онкоскан лежит технология молекулярной инверсионной пробы (molecular inversion probe, MIP).

Информация об исследовании

Тест Онкокарта позволяет установить наличие мутаций в 57 генах, ассоциированных с развитием опухоли (онкогенов и онкосупрессоров).

Список генов, входящих в исследование*: 

ABL1, AKT1, ALK, APC, ATM, BRAF, CDH1, CDKN2A, CSF1R, CTNNB1, DDR2, DNMT3A, EGFR, ERRB2, ERBB4, EZH2, FBXW7, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FLT3, FOXL2, GNA11, GNAQ, GNAS, HNF1A, HRAS, IDH1, IDH2, JAK2, JAK3, KDR, KIT, KRAS, MAP2K1, MET, MLH1, MPL, MSH6, NOTCH1, NPM1, NRAS, PDGFRA, PIK3CA, PTEN, PTPN11, RB1, RET, SMAD4, SMARCB1, SMO, SRC, STK11, TP53, TSC1, TSC2, VHL.

*по запросу в онкокарту может быть добавлена модульная панель: поиск соматических мутации во всех кодирующих участках генов BRCA1, BRCA2, PALB2

Информация о наличии в опухоли мутаций может помочь врачу оценить прогноз развития заболевания, а также принять решение о выборе противоопухолевой терапии. Например, при наличии активирующих мутаций в гене EGFR больным немелкоклеточным раком легкого в качестве терапии первой линии вместо стандартной химиотерапии могут быть назначены таргетные препараты – ингибиторы тирозинкиназы EGFR (гефитиниб, эрлотиниб, афатиниб). При обнаружении у больных раком толстой кишки активирующих мутаций в гене KRAS назначение таргетных препаратов (цетуксимаб, панитумумаб) нецелесообразно.

Преимущество теста ОнкоКарта перед другими диагностическими тестами, предназначенными для анализа мутаций в отдельных генах, заключается в возможности одновременного выявления мутаций во множестве генов, играющих важную роль в канцерогенезе. Онокарта позволяет диагностировать более 16 000 мутаций, аннотированных в базе данных COSMIC и предоставляет важную информацию для более 20 типов различных солидных опухолей и гемобластозов.

Информация об исследовании

Тест Mammaprint позволяет оценить вероятность рецидива или образования отдаленных метастазов у пациентки с раком молочной железы (РМЖ) в течение 10 лет после удаления первичной опухоли. В отличие от большинства других мультигенных диагностических тестов в области онкологии, тест Mammaprint разрешен к применению Управлением по контролю качества пищевых продуктов и лекарственных средств (Food and Drug Administration, FDA, США).

В основе теста Mammaprint лежит измерение экспрессии 70 генов¹, ассоциированных с развитием РМЖ. Данные по экспрессии этих генов в опухоли дают возможность определить прогноз рецидива РМЖ: высокий риск рецидива означает, что вероятность повторного развития опухоли составляет 29%; низкий риск означает, что такая вероятность равна 10%.

Помимо важности теста Mammaprint для оценки прогноза рецидива РМЖ, тест также имеет предиктивное значение для принятия решения о назначении адъювантной терапии. Показано, что назначение адъювантной химиотерапии пациентам с высоким риском рецидива дает хороший эффект, тогда как для пациентов с низким риском рецидива такое назначение может оказаться неэффективным и бесполезным. С другой стороны, назначение гормональной адъювантной терапии снижает риск рецидива для обеих групп пациентов в случае гормонположительного статуса РМЖ (наличия в опухоли экспрессии эстрогенового рецептора, ER+).

Тест Mammaprint может быть рекомендован пациенткам с РМЖ в случае, если выполняются следующие условия:

• 1 или 2 стадия РМЖ;
• инвазивная карцинома;
• размер опухоли не более 5 см;
• не более 3-х пораженных лимфоузлов;
• любой статус экспрессии эстрогенового рецептора в опухоли: ER+ или ER-;
• любой статус амплификации гена, кодирующего рецептор эпидермального фактора роста ERBB2 (HER2/Neu): HER2+ или HER2-;
• любой возраст пациентки.

¹Список генов, включенных в тест Mammaprint, предоставляется по запросу.

FoundationOne CDx (F1CDx) – молекулярно-генетический тест на основе секвенирования следующего поколения (NGS), диагностирующий различные точечные мутации, инсерции, делеции, амплификации и транслокации в опухолевой ткани. Тест также предназначен для диагностики микросателлитной нестабильности (MSI), опухолевой мутационной нагрузки (TMB).

Информация о наличии в опухоли мутаций может помочь врачу оценить прогноз развития заболевания, а также принять решение о выборе противоопухолевой терапии. Например, при наличии активирующих мутаций в гене EGFR больным немелкоклеточным раком легкого в качестве терапии первой линии вместо стандартной химиотерапии могут быть назначены таргетные препараты – ингибиторы тирозинкиназы EGFR (гефитиниб, эрлотиниб, афатиниб). При обнаружении у больных раком толстой кишки активирующих мутаций в гене KRAS назначение таргетных препаратов (цетуксимаб, панитумумаб) нецелесообразно.

Другие примеры назначения таргетной терапии на основе обнаруженных мутаций:

Преимущество теста FoundationOne®CDx перед другими диагностическими тестами, предназначенными для анализа мутаций в отдельных генах, заключается в возможности одновременного выявления мутаций во множестве генов, играющих важную роль в канцерогенезе.

Список генов, для которых проводится исследование всей экзонной последовательности для диагностики однонуклеотидных замен (SNP), небольших инсерций и делеций, крупных амплификации и делеции (CNV) (324 гена):

Гены, с участием которых могут быть диагностированы транслокации и фьюжн гены:

Исследование выполняется в лаборатории Foundation Medicine – лаборатории компаний Foundation Medicine Inc. (США)/Foundation Medicine Germany GmbH (Германия)

Signatera - это первый и единственный тест для молекулярного мониторинга минимальной остаточной болезни, основанный на оценке уровня свободноциркулирующей опухолевой ДНК. 

Определение минимальной остаточной болезни (МОБ) и раннего прогрессирования солидных опухолей достаточно сложная задача для традиционных методов исследования, таких как определение сывороточных онкомаркеров или современных методов визуализации (ПЭТ, МРТ).

SignateraTM (RUO) - это первый анализ свободноциркулирующей ДНК (сцДНК), предназначенный для мониторинга лечения и оценки МОБ, с возможностью обнаружения соматических мутаций в плазме крови при частоте мутантного аллеля < 0.01%.

Рутинные методы обнаружения сцДНК обычно включают анализ частых мутаций в генах, ассоциированных с терапией и прогнозом заболевания. Обычно исследования даже в рамках панелей генов обнаруживают лишь одну или две драйверные мутации в сцДНК. Кроме того, предел обнаружения мутантного аллеля обычно не выше 0.1%. В основе исследования Signatera лежит полное секвенирование экзома первичной опухоли и образца крови. На основе 16 уникальных соматических мутаций изготавливается персональная тест-система, позволяющая обнаруживать эти мутации в цоДНК в плазме.

Основные этапы исследования:

1 этап

Полное секвенирование экзома опухоли и соответствующего образца венозной крови. Анализ данных, диагностика соматических мутаций в опухоли.

2 этап

Выбор 16 клональных соматических мутаций и изготовление индивидуального мультиплексного ПЦР-праймера.

3 этап

Забор венозной крови для проведения жидкостной биопсии.

4 этап

Выделение и подготовка бибилиотек сцДНК с последующей 16-плексной ПЦР.

5 этап

После мультиплексной ПЦР-амплификации выполняется сверхглубокое секвенирование, со средней глубиной 100 000х. Анализ данных с целью обнаружения свободноциркулирущей опухолевой ДНК.

Чувствительность и специфичность исследования Signatera зависит от количества мутантного аллеля в образце плазмы и составляет 67% и 99,9% соответственно, при доле мутантного аллеля 0.03%. Чувствительность достигает 100% при доле мутантного аллеля 0.05%.

Исследование Signatera валидировано и может быть рекомендовано пациентам с 4 типами злокачественных новообразований: немелкоклеточный рак легкого, мышечно-инвазивный рак мочевого пузыря, колоректальный рак, рак молочной железы.

Исследование выполняется в лаборатории Natera (Сан-Карлос, США).

Тест Онкокарта позволяет установить наличие мутаций в 60 генах, ассоциированных с развитием опухоли (онкогенов и онкосупрессоров).

Список генов, входящих в исследование:

ABL1, AKT1, ALK, APC, ATM, BRAF, BRCA1, BRCA2, CDH1, CDKN2A, CSF1R, CTNNB1, DDR2, DNMT3A, EGFR, ERRB2, ERBB4, EZH2, FBXW7, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FLT3, FOXL2, GNA11, GNAQ, GNAS, HNF1A, HRAS, IDH1, IDH2, JAK2, JAK3, KDR, KIT, KRAS, MAP2K1, MET, MLH1, MPL, MSH6, NOTCH1, NPM1, NRAS, PALB2, PDGFRA, PIK3CA, PTEN, PTPN11, RB1, RET, SMAD4, SMARCB1, SMO, SRC, STK11, TP53, TSC1, TSC2, VHL.

Информация о наличии в опухоли мутаций может помочь врачу оценить прогноз развития заболевания, а также принять решение о выборе противоопухолевой терапии. Например, при наличии активирующих мутаций в гене EGFR больным немелкоклеточным раком легкого в качестве терапии первой линии вместо стандартной химиотерапии могут быть назначены таргетные препараты – ингибиторы тирозинкиназы EGFR (гефитиниб, эрлотиниб, афатиниб). При обнаружении у больных раком толстой кишки активирующих мутаций в гене KRAS назначение таргетных препаратов (цетуксимаб, панитумумаб) нецелесообразно.

Преимущество теста ОнкоКарта перед другими диагностическими тестами, предназначенными для анализа мутаций в отдельных генах, заключается в возможности одновременного выявления мутаций во множестве генов, играющих важную роль в канцерогенезе. Онокарта позволяет диагностировать более 16 000 мутаций, аннотированных в базе данных COSMIC и предоставляет важную информацию для более 20 типов различных солидных опухолей и гемобластозов.

Тест позволяет установить наличие мутаций в 60 генах, ассоциированных с развитием опухоли, в свободно циркулирующей опухолевой ДНК в крови.

Список генов, входящих в панель*:

ABL1, AKT1, ALK, APC, ATM, BRAF, BRCA1, BRCA2, CDH1, CDKN2A, CSF1R, CTNNB1, DDR2, DNMT3A, EGFR, ERBB2, ERBB4, EZH2, FBXW7, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FLT3, FOXL2, GNA11, GNAQ, GNAS, HNF1A, HRAS, IDH1, IDH2, JAK2, JAK3, KDR, KIT, KRAS, MAP2K1, MET, MLH1, MPL, MSH6, NOTCH1, NPM1, NRAS, PALB2, PDGFRA, PIK3CA, PTEN, PTPN11, RB1, RET, SMAD4, SMARCB1, SMO, SRC, STK11, TP53, TSC1, TSC2, VHL.

TMB представляет собой общее количество соматических* мутаций в определенной области генома опухоли.

*соматические мутации возникают непосредственно в опухолевой ткани и не наследуются.

TMB - число мутаций на 1 мегабазу (Мб) генома (1 миллион пар нуклеотидов). 

Ассоциация TMB с неоантигенной нагрузкой опухоли

Неоантигены— это антигены, продуцируемые опухолевыми клетками и способные вызвать иммунный ответ организма. Важная роль иммунной системы заключается в обнаружении этих антигенов и последующим уничтожении опухолевых клеток. На поверхности клеток иммунной системы, Т-лимфоцитов, существуют определенные «молекулярные тормоза» или контрольные точки, которые поддерживают баланс иммунной системы и предотвращают аутоиммунное повреждение здоровых тканей. Опухолевые клетки могут экспрессировать на своей поверхности специальные ингибиторы контрольных точек, которые позволяют опухоли ускользать от иммунного ответа.

Иммунотерапия представляет собой использование специальных лекарственных средств, способных ингибировать контрольные точки, предоставляя собственному иммунитету возможность уничтожать опухолевые клетки. Иммунотерапия увеличивает выживаемость у части пациентов с множеством различных онкологических заболеваний, обеспечивая длительный период ремиссии, возвращая людей к активной жизни.

Высокий уровень TMB (TMB-high) предполагает биосинтез большого количества мутантных белков, неоантигенов, и как следствие происходит повышение противоопухолевого иммунного ответа.

TMB может быть независимым предиктором ответа опухоли на иммунотерапию.

TMB-high характерен для опухолей, возникающих вследствие следующих факторов:

• Табачный дым и полициклические ароматические углеводороды (рак легких, рак мочевого пузыря).
• Ультрафиолетовое излучение (меланома).
• Герминальные (врожденные) мутации генов, кодирующих белки, участвующие в репарации и репликации ДНК.

Золотой стандарт диагностики ТМБ - полное секвенирование экзома (ПСЭ). Однако этот метод является дорогостоящим и требует чрезмерно длительного времени выполнения, что делает его неподходящим для рутинной клинической практики. Существуют альтернативные подходы, позволяющие косвенно оценить TMB путем оценки мутационного статуса определенной генной панелью с помощью технологии секвенирования следующего поколения (NGS).

Минимальный размер панели для определения TMB более 300 генов или 1 Мб.

В лаборатории Геномед для расчета TMB используется панель QIAseq Tumor Mutation Burden, разработанная для поиска мутаций в 486 генах, ассоциированных с канцерогенезом и охватывающая 1,3 Мб генома. Панель разработана с использованием технологии уникальных молекулярных индексов (UMI), которые позволяют пометить каждую молекулу ДНК в образце ещё на ранней стадии создания библиотек. Это позволяет устранить ошибки ПЦР и секвенирования и в последующем получить более качественные результаты. Анализ данных проводится с помощью биоинформатического протокола QIAseq Tumor Mutational Burden, разработанного Biomedical Genomics Analysis для CLC Genomics Workbench.

Информация об исследовании

Тест позволяет установить наличие мутаций в 3 генах, ассоциированных с меланомой: BRAF, KIT, NRAS.

Информация о наличии в опухоли мутаций (молекулярном профиле опухоли) может помочь врачу оценить прогноз развития заболевания, а также принять решение о выборе противоопухолевой терапии.

Так, например, при наличии активирующей мутации в 600 кодоне 15 экзона гена BRAF (V600) больным меланомой рекомендовано назначение таргетной терапии ингибиторами BRAF (вемурафениб, дабрафениб) и их комбинацией с ингибиторами MEK1/2 (траметиниб, кобиметиниб). Анализ мутаций в гене BRAF при меланоме входит в рекомендации ведущих онкологических сообществ в России и за рубежом: Европейского общества медицинской онкологии (European Society for Medical Oncology, ESMO), Национальной онкологической сети США (National Comprehensive Cancer Network, NCCN), Российского общества клинической онкологии (RUSSCO).

Мутации в 12, 13 и 61 кодонах гена NRAS (2 и 3 экзоны) встречаются в 15-20% случаев меланомы. Наличие в опухоли мутации в гене NRAS ассоциировано с агрессивным течением заболевания и плохим прогнозом.

Мутации в гене KIT (c-KIT) обнаруживаются в 2-8% случаев при меланоме. При наличии мутации в гене KIT пациенту может быть рекомендована терапия таргетным препаратом – иматинибом. Анализ мутаций в этом гене входит в рекомендации по лечению меланомы NCCN и RUSSCO.

Метод исследования: секвенирование ДНК нового поколения (Next Generation Sequencing, NGS).

Информация об исследовании

BRAF - это ген, который кодирует белок B-Raf. B-Raf – серин/треонин киназа, которая работает в сигнальном пути Ras-Raf-MEK-MARK. Этот сигнальный путь в норме регулирует пролиферацию и сохранение клеток под контролем факторов роста и гормонов. Мутации в гене BRAF связаны с развитием рака. Наиболее частое изменение в гене BRAF - мутация, называемая V600, когда валин в позиции 600 меняется на другую аминокислоту. Мутация V600 вызывает постоянную активацию белка BRAF, даже в отсутствие факторов роста. Неправильный сигналлинг BRAF из-за мутации V600 может приводить к избыточной клеточной пролиферации и к ошибочной устойчивости к апоптозу. Мутации BRAF присутствуют в ~50% опухолей меланомы, ~40% папиллярных тироидных опухолей, ~30% опухолей яичников, ~10% колоректальных опухолей, ~10% опухолей простаты. В 2011 году для лечения пациентов с метастатической меланомой появились два новых препарата Ипилимумаб (Ерва) и Вемурафениб (Зелбораф). Эти препараты показали высокую эффективность при лечении метастатической меланомы, в клетках которой обнаружена мутация V600. Некоторые пациенты с мутацией V600 могут также лучше отвечать на иммунотерапию. У них может быть эффективным применение высоких доз Интерлейкина-2. Безусловно, наличие мутации в гене BRAF должно быть установлено перед выбором препарата для лечения меланомы. 

 Метод исследования: секвенирование ДНК нового поколения (Next Generation Sequencing, NGS).

Тест позволяет установить наличие мутаций в 3 генах, ассоциированных с раком толстой кишки (РТК) и меланомой, в свободно циркулирующей опухолевой ДНК в крови.

Список генов, входящих в панель: BRAF, KRAS, NRAS.

В основе теста лежит метод жидкостной биопсии, представляющий собой неинвазивный метод выявления мутаций, ассоциированных с развитием опухоли, в образце крови пациента.

Информация о молекулярном профиле опухоли пациента, полученная с помощью жидкостной биопсии, может быть полезна врачу при оценке прогноза развития заболевания и составлении индивидуального плана лечения пациента, а также для оценки молекулярных изменений, происходящих в опухоли в ходе лечения, и эффективности проводимой противоопухолевой терапии. Тест может также применяться для мониторинга пациентов, находящихся в стадии клинической ремиссии или прошедших процедуру резекции опухоли, с целью ранней диагностики возможного рецидива или прогрессирования заболевания.

Так, например, при наличии активирующей мутации в 600 кодоне гена BRAF (V600) больным меланомой рекомендовано назначение таргетной терапии ингибиторами BRAF (вемурафениб, дабрафениб) и их комбинацией с ингибиторами MEK1/2 (траметиниб, кобиметиниб). Наличие мутации BRAF V600 влияет также на выбор терапии для пациентов с РТК: таким пациентам не рекомендовано назначение ингибиторов EGFR (панитумумаба или цетуксимаба), поскольку вероятность ответа опухоли на терапию у них значительно снижена. Анализ мутаций в гене BRAF при меланоме и РТК входит в рекомендации ведущих онкологических сообществ в России и за рубежом: Европейского общества медицинской онкологии (European Society for Medical Oncology, ESMO), Национальной онкологической сети США (National Comprehensive Cancer Network, NCCN), Российского общества клинической онкологии (RUSSCO).

Наличие мутации в гене KRAS или NRAS при РТК также делает опухоль нечувствительной к ингибиторам EGFR. Исследование этих генов входит в рекомендации по лечению РТК NCCN и RUSSCO.

Диагностика с использованием жидкостной биопсии может быть рекомендована следующим группам пациентов:

• Пациентам с диагностированным раком как перед назначением терапии, так и в процессе лечения для оценки эффективности терапии.
• Пациентам, находящимся в стадии клинической ремиссии, с целью ранней диагностики прогрессирования заболевания.
• Пациентам после удаления опухоли с целью раннего выявления возможного рецидива.

Преимущества жидкостной биопсии:

• Для проведения теста не требуется оперативное вмешательство.
• В отличие от стандартных методов инвазивной диагностики, исследования с помощью жидкостной биопсии можно проводить с той частотой, которая необходима для эффективного мониторинга пациента.

Тест обладает высокой чувствительностью и специфичностью, позволяя детектировать мутантные аллели при их содержании в образце вплоть до 0,5-1%.

Метод исследования: секвенирование нового поколения (Next Generation Sequencing, NGS).

Информация об исследовании

Панель «Факоматозы и наследственный рак» позволяет установить наличие врожденных (герминальных) патогенных мутаций в 155 генах, ассоциированных с факоматозами и другими наследственными заболеваниями, характеризующимися повышенной вероятностью возникновения рака, а также достоверно ассоциированных с повышенным риском развития различных типов опухоли и с наследственными опухолевыми синдромами, такими как синдром Ли-Фраумени, синдром Линча, синдром Пейтца-Егерса, наследственный диффузный рак желудка и т.д. Панель «Факоматозы и наследственный рак» наиболее полно охватывает список генов, мутации в которых определяют врожденную предрасположенность к развитию рака.

Согласно статистике, 5-10% всех случаев рака носят наследственный характер и обусловлены наличием патогенных мутаций в генах, отвечающих за развитие опухоли. Информация о наличии таких мутаций у пациента может помочь врачу оценить риск развития заболевания, а также обсудить с пациентом меры по ранней диагностике или предотвращению образования опухоли.

Диагностика с использованием панели «Факоматозы и наследственный рак» может быть рекомендована пациентам с подозрением на факоматоз или другое наследственное заболевание, ассоциированное с высоким риском развития рака (например, анемия Фанкони), а также пациентам с подозрением на наследственный опухолевый синдром или наследственный рак в семье.

Список генов, входящих в панель «Факоматозы и наследственный рак»:

ABL1, AKT1, ALK, APC, AR, ARID1A, ASXL1, ATM, ATR, AXIN2, BAP1, BARD1, BLM, BMPR1A, BRAF, BRCA1, BRCA2, BRIP1, BTNL2, CD82, CDC73, CDH1, CDK4, CDKN1B, CDKN2A, CEBPA, CHEK2, CTNNB1, CYLD, DDB2, DDR2, DICER1, EGFR, ELAC2, EPCAM, ERBB2, ERCC1, ERCC2, ERCC3, ERCC4, ERCC5, EXT1, EXT2, EZH2, FANCA, FANCB, FANCC, FANCD2, FANCE, FANCF, FANCG, FANCI, FANCL, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FGFR4, FH, FLCN, GATA2, GDNF, GNA11, GNAQ, GNAS, HNF1A, HNF1B, HRAS, IDH1, IDH2, JAK2, JAK3, KDM6A, KDR, KIF1B, KIT, KMT2A, KMT2D, KRAS, LIG4, LZTR1, MAP2K1, MAX, MC1R, MEN1, MET, MITF, MLH1, MRE11A, MSH2, MSH3, MSH6, MSR1, MTOR, MUTYH, MXI1, NBN, NF1, NF2, NOTCH1, NRAS, NSD1, PALB2, PALLD, PAX5, PDGFRA, PDGFRB, PHOX2B, PIK3CA, PIK3R1, PMS2, POLD1, POLE, POLH, POT1, PRKAR1A, PRSS1, PTCH1, PTEN, PTPN11, RAD50, RAD51C, RAD51D, RB1, RECQL4, RET, RNASEL, RUNX1, SBDS, SDHA, SDHAF2, SDHB, SDHC, SDHD, SLX4, SMAD4, SMARCA4, SMARCB1, SMARCE1, SMO, SPINK1, SPRED1, STK11, SUFU, TMEM127, TP53, TSC1, TSC2, TSHR, VHL, WRN, WT1, XPA, XPC, XRCC3, ZFHX3.

В основе диагностики с использованием панели «Факоматозы и наследственный рак» лежит метод высокопроизводительного секвенирования ДНК (Next Generation Sequencing, NGS) со средним покрытием в кодирующих областях генов и сайтах сплайсинга не менее 80х.

Информация об исследовании

Тест позволяет установить наличие мутаций в 2 генах, ассоциированных с гастроинтестинальными стромальными опухолями (ГИСО): KIT (c-KIT), PDGFRA.

Ген KIT (c-KIT) является протоонкогеном и кодирует рецептор фактора роста тучных и стволовых клеток SCFR, также известный как CD117 и представляющий собой рецепторную тирозинкиназу KIT.

Связывание рецептора CD117 с лигандом приводит к активации сигнальных путей, приводящих к выживанию, пролиферации и дифференцировке клеток. В опухоли рецептор KIT непосредственно принимает участие в опухолевой прогрессии, стимулируя пролиферацию клеток и снижая чувствительность к апоптотическим сигналам. Мутации гена KIT приводят к нарушению данных сигнальных путей и встречаются у 85% пациентов c гастроинтестинальными стромальными опухолями. Подавляющее число мутаций в гене KIT расположены в 9, 11, 13 и 17 экзонах.

Наличие мутаций в гене KIT может иметь предиктивное значение при назначении таргетной терапии. Так, например, мутация в 816 домене (D816V) делает опухоль резистентной к ингибитору тирозинкиназы KIT – иматинибу.

Ген PDGFRA кодирует рецептор факторов роста тромбоцитов (platelet-derived growth factor, PDGF), принимающий участие в таких клеточных процессах как клеточный рост и дифференцировка.

Мутации в гене PDGFRA встречаются в 5% случаев ГИСО. Наиболее часто встречаются мутации в 12 и 18 экзонах. Мутации, расположенные в 12 и 18 экзонах (за исключением мутации D842V), ассоциированы с чувствительностью опухоли к иматинибу.

Метод исследования: секвенирование ДНК нового поколения (Next Generation Sequencing, NGS).

Информация об исследовании

Тест позволяет установить наличие мутаций в 57 генах, ассоциированных с развитием опухоли, в свободно циркулирующей опухолевой ДНК в крови.

Список генов, входящих в панель*:

ABL1, AKT1, ALK, APC, ATM, BRAF, CDH1, CDKN2A, CSF1R, CTNNB1, DDR2, DNMT3A, EGFR, ERBB2, ERBB4, EZH2, FBXW7, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FLT3, FOXL2, GNA11, GNAQ, GNAS, HNF1A, HRAS, IDH1, IDH2, JAK2, JAK3, KDR, KIT, KRAS, MAP2K1, MET, MLH1, MPL, MSH6, NOTCH1, NPM1, NRAS, PDGFRA, PIK3CA, PTEN, PTPN11, RB1, RET, SMAD4, SMARCB1, SMO, SRC, STK11, TP53, TSC1, TSC2, VHL.

* по запросу в исследование жидкостная биопсия 57 генов может быть добавлена модульная панель, включающая гены BRCA1, BRCA2, PALB2

В основе теста лежит метод жидкостной биопсии, представляющий собой неинвазивный метод выявления мутаций, ассоциированных с развитием опухоли, в образце крови пациента.

Информация о молекулярном профиле опухоли пациента, полученная с помощью жидкостной биопсии, может быть полезна врачу при оценке прогноза развития заболевания и составлении индивидуального плана лечения пациента, а также для оценки молекулярных изменений, происходящих в опухоли в ходе лечения, и эффективности проводимой противоопухолевой терапии.

Примером могут служить мутации в гене EGFR при немелкоклеточным раком легкого (НМРЛ), ассоциированные с ответом на таргетные препараты – ингибиторы тирозинкиназы EGFR (гефитиниб, эрлотиниб, афатиниб, осимертиниб), либо мутации в 600 кодоне гена BRAF (V600) у больных меланомой и НМРЛ, наличие которых делает опухоль чувствительной к ингибиторам BRAF (вемурафениб, дабрафениб) и MEK1/2 (траметиниб, кобиметиниб). Наличие мутации BRAF V600 влияет также на выбор терапии для пациентов с раком толстой кишки (РТК): таким пациентам не рекомендовано назначение ингибиторов EGFR (панитумумаба или цетуксимаба), поскольку вероятность ответа опухоли на терапию у них значительно снижена.

В панель включены все основные гены, поиск соматических мутаций в которых может быть целесообразен согласно самым современным российским и зарубежным рекомендациям по лечению солидных опухолей. Кроме того, в тест входят также гены, не включенные в официальные рекомендации, мутации в которых тем не менее могут быть ассоциированы с прогнозом или ответом на терапию, а также могут отражать ход эволюции опухоли и тем самым быть полезными для мониторинга заболевания.

Диагностика с использованием жидкостной биопсии может быть рекомендована следующим группам пациентов:

• Пациентам с диагностированным раком как перед назначением терапии, так и в процессе лечения для оценки эффективности терапии.
• Пациентам, находящимся в стадии клинической ремиссии, с целью ранней диагностики прогрессирования заболевания.
• Пациентам после удаления опухоли с целью раннего выявления возможного рецидива.

Преимущества жидкостной биопсии:

• Для проведения теста не требуется оперативное вмешательство.
• В отличие от стандартных методов инвазивной диагностики, исследования с помощью жидкостной биопсии можно проводить с той частотой, которая необходима для эффективного мониторинга пациента.

Тест обладает высокой чувствительностью и специфичностью, позволяя детектировать мутантные аллели при их содержании в образце вплоть до 0,5-1%.

Метод исследования: секвенирование нового поколения (Next Generation Sequencing, NGS).

Тест позволяет установить наличие мутаций в 4 генах, ассоциированных с раком легкого.

Список генов, входящих в панель: EGFR, KRAS, NRAS, BRAF

Базовая панель позволяет определить мутации в генах, имеющих наибольшую частоту клинически релеватнных мутаций, и подобрать лечение ингибиторами тирозинкиназы EGFR и ингибиторами BRAF.

Активирующие мутации в гене EGFR встречаются в 10-35% случаев немелкоклеточного рака легкого. Наличие таких активирующих мутаций является показанием для назначения таргетной противоопухолевой терапии специфическими ингибиторами EGFR-тирозинкиназы (эрлотиниб, гефитиниб, афатиниб). Всем больным немелкоклеточным раком легкого перед назначением таргетной терапии рекомендуется анализ ДНК клеток опухоли на наличие активирующих мутаций в гене EGFR, так как наличие мутаций является залогом эффективности таргетной терапии.

Мутации в гене BRAF наблюдаются в 1-4% всех случаев НМРЛ; пациентам с мутациями в этом гене рекомендована комбинированная таргетная терапия дабрафенибом и траметинибом, ингибиторами BRAF и MEK1/2, соответственно. Исследование мутаций в гене BRAF при раке легкого входит в рекомендации NCCN и RUSSCO.

У пациентов с НМРЛ мутации в гене KRAS наблюдается с очень высокой частотой, до 30%. Мутации в генах KRAS, NRAS встречаются (в большинстве случаев) в опухолях с диким типом генов EGFR, ALK, ROS1. Обнаружение мутации в генах KRAS, NRAS избавляет пациента от дальнейшего поиска транслокаций с участием генов ALK, ROS1

Метод исследования: секвенирование ДНК нового поколения (Next Generation Sequencing, NGS).

Тест позволяет установить наличие мутаций в 4 генах, ассоциированных с раком легкого, в свободно циркулирующей опухолевой ДНК в крови.

Список генов, входящих в панель: EGFR, KRAS, NRAS, BRAF

В основе теста лежит метод жидкостной биопсии, представляющий собой неинвазивный метод выявления мутаций, ассоциированных с развитием опухоли, в образце крови пациента.

Информация о молекулярном профиле опухоли пациента, полученная с помощью жидкостной биопсии, может быть полезна врачу при оценке прогноза развития заболевания и составлении индивидуального плана лечения пациента, а также для оценки молекулярных изменений, происходящих в опухоли в ходе лечения, и эффективности проводимой противоопухолевой терапии. К настоящему моменту, ряд зарубежных профессиональных онкологических сообществ (Европейское общество медицинской онкологии (ESMO), Национальная онкологическая сеть США (NCCN), Европейское медицинское агентство (ЕМА)) одобрил использование жидкостной биопсии в клинической практике для пациентов с немелкоклеточным раком легкого (НМРЛ), кандидатов для назначения противоопухолевых препаратов-ингибиторов EGFR, у которых по какой-либо причине нет возможности провести анализ мутаций в опухолевом образце.

Базовая панель позволяет определить мутации в генах, имеющих наибольшую

частоту клинически релеватнных мутаций, и подобрать лечение ингибиторами тирозинкиназы EGFR и ингибиторами BRAF. Также мониторинг мутаций в гене EGFR в крови позволяет детектировать появление мутаций, ассоциированных с резистентностью к ингибиторам тирозинкиназы EGFR (в частности, мутации T790M), за несколько месяцев до появления клинических признаков прогрессирования заболевания. Обнаружение мутаций в генах KRAS и NRAS может избавить пациента от дальнейшего поиска транслокаций с участием генов ALK и ROS1, так как эти мутации в большинстве случаев являются взаимоисключающими.

Диагностика с использованием жидкостной биопсии может быть рекомендована следующим группам пациентов:

• Пациентам с диагностированным раком, как перед назначением терапии, так и в процессе лечения для оценки эффективности терапии.
• Пациентам, находящимся в стадии клинической ремиссии, с целью ранней диагностики прогрессирования заболевания.
• Пациентам после удаления опухоли с целью раннего выявления возможного рецидива.

Преимущества жидкостной биопсии:

• Для проведения теста не требуется оперативное вмешательство.
• В отличие от стандартных методов инвазивной диагностики, исследования с помощью жидкостной биопсии можно проводить с той частотой, которая необходима для эффективного мониторинга пациента.

Тест обладает высокой чувствительностью и специфичностью, позволяя детектировать мутантные аллели при их содержании в образце вплоть до 0,5-1%.

Метод исследования: секвенирование ДНК нового поколения (Next Generation Sequencing, NGS).

Информация об исследовании

Ген EGFR кодирует белок рецептора эпидермального фактора роста, относящегося к семейству рецепторных тирозинкиназ. Активация EGFR приводит к запуску сигнальных путей, вовлеченных в процессы пролиферации и апоптоза.

Активирующие мутации в гене EGFR встречаются в 10-35% случаев немелкоклеточного рака легкого. Наличие таких активирующих мутаций является показанием для назначения таргетной противоопухолевой терапии специфическими ингибиторами EGFR-тирозинкиназы (эрлотиниб, гефитиниб, афатиниб). Всем больным немелкоклеточным раком легкого перед назначением таргетной терапии рекомендуется анализ ДНК клеток опухоли на наличие активирующих мутаций в гене EGFR, так как наличие мутаций является залогом эффективности таргетной терапии.

Мутация T790M в гене EGFR является наиболее частой причиной возникновения резистентности к терапии ингибиторами EGFR. Выявление этой мутации в опухоли позволяет выяснить причину резистентности и принять решение о смене терапии у пациента.

Тест на определение мутаций в гене EGFR позволяет выявить любые мутации 18, 19, 20, 21 экзонов.

Метод исследования: секвенирование ДНК нового поколения (Next Generation Sequencing, NGS).

Информация об исследовании

Тест позволяет установить наличие мутаций в 8 генах, ассоциированных с раком легкого.

Список генов, входящих в панель: ALK, BRAF, EGFR, ERBB2, KRAS, MET, PIK3CA.

Информация о наличии в опухоли мутаций (молекулярном профиле опухоли) может помочь врачу оценить прогноз развития заболевания, а также принять решение о выборе противоопухолевой терапии.

Так, например, при наличии активирующих мутаций в 19 и 21 экзонах гена EGFR больным немелкоклеточным раком легкого (НМРЛ) в качестве терапии первой линии вместо стандартной химиотерапии могут быть назначены таргетные препараты – ингибиторы тирозинкиназы EGFR (гефитиниб, эрлотиниб, афатиниб). Однако, ряд мутаций в гене EGFR, в частности, мутация T790M в 20 экзоне, напротив, ассоциирована с резистентностью к данным препаратам; при наличии в опухоли такой мутации пациенту может быть рекомендовано лечение ингибитором EGFR третьего поколения – осимертинибом, эффективным против опухолей с мутацией Т790М. Анализ мутаций в гене EGFR входит в рекомендации ведущих онкологических сообществ в России и за рубежом: Европейского общества медицинской онкологии (European Society for Medical Oncology, ESMO), Национальной онкологической сети США (National Comprehensive Cancer Network, NCCN), Российского общества клинической онкологии (RUSSCO).

Мутации в гене KRAS встречаются в 25-30% случаев аденокарциномы легкого; исследования показывают, что мутации в этом гене могут быть ассоциированы с устойчивостью к ингибиторам EGFR. Исследование гена KRAS при раке легкого входит в рекомендации NCCN и RUSSCO.

Точечные мутации в генах ALK и ROS1 могут приводить к резистентности опухоли к таргетному препарату кризотинибу – ингибитору тирозинкиназ ALK/ROS1/MET, назначаемому тем пациентам, у которых в опухоли была обнаружена транслокация ALK или ROS1.

Мутации в гене BRAF наблюдаются в 1-4% всех случаев НМРЛ; пациентам с мутациями в этом гене рекомендована комбинированная таргетная терапия дабрафенибом и траметинибом, ингибиторами BRAF и MEK1/2, соответственно. Исследование мутаций в гене BRAF при раке легкого входит в рекомендации NCCN и RUSSCO.

В 2-4% случаев НМРЛ в опухоли обнаруживаются мутации в гене ERBB2 (HER2); в этих случаях, согласно рекомендациям NCCN, пациентам может быть назначена терапия ингибиторами ERBB2. Тестирование на наличие мутаций в гене HER2 входит также в рекомендации RUSSCO.

Мутации в гене MET встречаются в 3-5% случаев НМРЛ; в частности, мутации, приводящие к пропуску (скиппингу) 14 экзона являются важными драйверами развития опухоли. В соответствии с рекомендациями NCCN, пациентам с такими мутациями может быть рекомендовано назначение ингибитора тирозинкиназ ALK/ROS1/MET – кризотиниба.

Мутации в гене PIK3CA выявляются в 1-3% случаев НМРЛ и ассоциированы с резистентностью к терапии ингибиторами EGFR.

Метод исследования: секвенирование ДНК нового поколения (Next Generation Sequencing, NGS).

Информация об исследовании

Ген MET кодирует клеточный рецептор, обладающий тирозинкиназной активностью и участвующий в процессах эмбрионального развития, органогенеза и заживления ран. Лигандом к рецептору MET служит цитокин – фактор роста гепатоцитов (Hepatocyte growth factor, HGF).

В опухоли, повышенная активация рецептора MET способствует опухолевому росту, ангиогенезу и образованию метастазов. Амплификация гена MET при раке толстой кишки ассоциирована с пониженным ответом на ингибиторы EGFR-тирозинкиназы. В соответствии с рекомендациями Национальной онкологической сети США (National Comprehensive Cancer Network, NCCN), пациентам с амплификацией гена MET может быть рекомендовано назначение ингибитора тирозинкиназ ALK/ROS1/MET – кризотиниба.

Метод исследования: флуоресцентная insitu гибридизация (fluorescence insitu hybridization, FISH).

Информация об исследовании

Панель «Наследственные опухолевые синдромы» позволяет установить наличие врожденных (герминальных) патогенных мутаций в 26 генах, ассоциированных с наследственными опухолевыми синдромами, такими как синдром Ли-Фраумени, синдром Линча, синдром Пейтца-Егерса, наследственный диффузный рак желудка и т.д.

Список генов, входящих в панель: APC, BMPR1A, BRCA1, BRCA2, CDH1, CDKN1B, CDKN2A, EPCAM, FH, MEN1, MET, MLH1, MSH2, MSH6, MUTYH, NTHL1, PMS2, PTCH1, PTEN, RAD51C, RET, SMAD4, STK11, SUFU, TP53, VHL.

Наследственные опухолевые синдромы ассоциированы с повышенным риском развития рака у пациента; во многих случаях опухоли развиваются в более раннем возрасте по сравнению с контрольной популяцией; также нередки случаи образования нескольких первичных опухолей у одного пациента.

Согласно статистике, к примеру, при семейном аденоматозном полипозе риск развития рака толстой кишки у пациентов в возрасте 40 лет достигает 100% в случае, если не была проведена профилактическая колэктомия. У пациентов с синдромом Линча рак толстой кишки в течение жизни развивается в 80% случаев, рак эндометрия – в 43% случаев, рак желудка – в 19% случаев. Вероятность развития рака молочной железы у пациентов с синдромом Коудена составляет 30-50%.

Правильная постановка диагноза в случае наследственных опухолевых синдромов, основанная на выявлении патогенных мутаций в соответствующих генах, может позволить врачу оценить риск развития рака, а также определиться с мерами по ранней диагностике или предотвращению образования опухоли.

Наследственные опухолевые синдромы и ассоциированные с ними гены:

В основе диагностики с использованием панели «Наследственные опухолевые синдромы» лежит метод высокопроизводительного секвенирования ДНК (Next Generation Sequencing, NGS) со средним покрытием в кодирующих областях генов и сайтах сплайсинга не менее 80х.

Информация об исследовании

Микросателлитная нестабильность (microsatellite instability, MSI) – фенотип, характеризующийся повышенной вероятностью возникновения мутаций в результате нарушения системы репарации неспаренных оснований ДНК. В результате нарушения репарации в клетках возникает накопление ошибок при репликации ДНК, что приводит к появлению новых микросателлитных повторов.

Микросателлитная нестабильность является важным прогностическим и предиктивным маркером при раке толстой кишки. Опухоли с высокой степенью MSI не склонны к метастазированию и имеют благоприятный прогноз, а пациенты со II стадией заболевания могут отказаться от проведения адьювантной химиотерапии. Определение MSI является скрининговым тестом для отбора пациентов с подозрением на синдром Линча. Высокая степень MSI является показанием для назначения ингибиторов рецептора PD-1, пембролизумаба и ниволумаба, при метастатическом раке толстой кишки.

Управление по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов США (FDA) ободрило пембролизумаб для любой солидной опухоли детей и взрослых имеющей признаки высокой MSI, прогрессирующей после предшествующего лечения. Одобрение пембролизумаба является первым случаем, когда FDA одобрило лечение, основанноое на общем биомаркере, а не на типе и локализации опухоли.

Метод исследования: ПЦР с последующим фрагментным анализом

Исследуемые микросателлитные локусы: NR-21, BAT-26, BAT-25, NR-24, NR-27

Информация об исследовании

Панель «Наследственный рак молочной железы» позволяет установить наличие врожденных (герминальных) патогенных мутаций в 9 генах, достоверно ассоциированных с повышенным риском развития рака молочной железы (РМЖ).

Список генов, входящих в панель: ATM, BRCA1, BRCA2, CDH1, CHEK2, PALB2, PTEN, STK11, TP53.

Согласно статистике, 5-10% всех случаев РМЖ являются наследственными. По данным NCCN (National Comprehensive Cancer Network, Национальная онкологическая сеть США), мутации в генах, включенных в панель «Наследственный рак молочной железы», могут приводить к повышению риска развития РМЖ на 20% и более. Наличие патогенных мутаций в генах BRCA1 и BRCA2 ассоциировано с повышением риска образования опухоли молочной железы в течение жизни, по разным оценкам, вплоть до 55-90%.

Диагностика с использованием панели «Наследственный рак молочной железы» может быть рекомендована в следующих случаях:

• При наличии у исследуемого лица близких родственников с РМЖ или раком яичников, диагностированным в возрасте до 45 лет.
• При наличии у исследуемого лица в семейном анамнезе наследственных опухолевых синдромов, таких как, например, синдром Ли-Фраумени и синдром Коудена.
• В случае невыявления у больного с РМЖ известных патогенных мутаций в генах BRCA1 и BRCA2 с помощью таргетного анализа отдельных мутаций.

Согласно рекомендациям NCCN, наличие у исследуемого лица патогенной мутации или мутаций в одном из генов, ассоциированных с повышенным риском развития РМЖ, должно учитываться врачом при оценке риска заболевания и дальнейшем обсуждении с пациентом мер по ранней диагностике (регулярное МРТ-обследование) или предотвращению (профилактическая мастэктомия) развития опухоли.

В основе диагностики с использованием панели «Наследственный рак молочной железы» лежит метод высокопроизводительного секвенирования ДНК (Next Generation Sequencing, NGS) со средним покрытием в кодирующих областях генов и сайтах сплайсинга не менее 80х.

Информация об исследовании

Известно, что 5-10% случаев рака молочной железы и рака яичников являются наследственными и их раз­витие может быть связано с мутациями в генах BRCA1 и BRCA2. По данным Breast Cancer Linkage Consortium, оба гена увеличивают риск развития РМЖ у женщин к 80 годам на 80-85%. Было показано, что BRCA1-ассоциированный рак молочной железы, в отличие от спорадического, харак­теризуется более высокой степенью злокачественности, высокой частотой развития эстроген- и прогестерон-отрицательных опухолей, частотой развития медуллярного рака, выраженной лимфоидной инфильтрацией, выраженным лечебным патоморфозом вплоть до полной регрессии. Установлено, что выживаемость боль­ных наследственным раком органов женской репродуктивной системы значительно выше, чем в общей груп­пе больных, независимо от стадии и проводимого лечения: 5-летняя выживаемость больных наследственным раком молочной железы составляет 75% (общепопуляционная - 43%) Гены BRCA1 и BRCA2 не являются строго специфичными для РМЖ. Патологический генотип BRCA1/2 по­вышает риск возникновения рака яичников, желудка, толстой кишки, эндометрия, поджелудочной железы, мочевого пузыря, опухолей головы и шеи, желчевыводящих путей, а также возникновения меланомы. Метод исследования: ПЦР в режиме реального времени.

Исследуемые мутации

185delAG

4153delA

5382insC

3819delGTAAA

3875delGTCT

300T>G (Cys61Gly)

2080delA

6174delT

Помимо определения точечных мутаций в генах BRCA1 и BRCA2 есть возможность провести полное секвенирование этих генов

Гены BRCA1 и BRCA2 вместе с другими генами, мутации в которых могут являться причиной онкологических заболеваний входят в панель "Женские наследственные опухоли"  и "Наследственные опухолевые синдромы"

Информация об исследовании

Ген PIK3CA кодирует каталитическую субъединицу фермента фосфатидилинозитол -3-киназы (PI3K) – белок p110-alpha. Фермент PI3K участвует во множестве сигнальных путей в клетке, в частности, в пути PI3K/AKT/mTOR, отвечающего за рост и пролиферацию клеток, уход от апоптоза и другие важнейшие клеточные процессы. Повышенная активация этого сигнального пути наблюдается при различных типах рака.

Мутации в гене PIK3CA встречаются при раке толстой кишки, раке молочной железы, раке желудка, глиоме, раке эндометрия, раке яичников, раке легкого и др. Наличие мутаций в гене PIK3CA при раке молочной железы ассоциировано с более благоприятным прогнозом, а при немелкоклеточном раке легкого – с резистентностью к терапии ингибиторами тирозинкиназы EGFR. При раке толстой кишки мутации в гене PIK3CA могут быть ассоциированы с ответом на противоопухолевое лечение аспирином.

В мае 2019 года Управление по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов США  (FDA)  одобрило алпелисиб в комбинации с фулвестрантом для женщин в постменопаузе с гормон рецептор-позитивным (ER+), отрицательным по экспрессии рецептора эпидермального фактора роста (HER2-) метастатическим раком молочной железы и мутацией в гене PIK3CA.

Список мутаций, включенных в исследование:

- c.1624G>A (p.E542K)

- c.1625A>G (p.E542G)

- c.1625A>T (p.E542V)

- c.1633G>A (p.E545K)

- c.1634A>G (p.E545G)

- c.1635G>T (p.E545D)

- c.1636C>G (p.Q546E)

- c.1636C>A (p.Q546K)

- c.1637A>C (p.Q546P)

- c.1637A>G (p.Q546R)

- c.3139C>T (p.H1047Y)

- c.3140A>T (p.H1047L)

- c.3140A>G (p.H1047R)

Метод исследования: секвенирование ДНК нового поколения (Next Generation Sequencing, NGS).

Информация об исследовании

Известно, что 5-10% случаев рака молочной железы и рака яичников являются наследственными и их раз­витие может быть связано с мутациями в генах BRCA1 и BRCA2.

По данным Breast Cancer Linkage Consortium, оба гена увеличивают риск развития РМЖ у женщин к 80 годам на 80-85%. Было показано, что BRCA1-ассоциированный рак молочной железы, в отличие от спорадического, харак­теризуется более высокой степенью злокачественности, высокой частотой развития эстроген- и прогестерон-отрицательных опухолей, частотой развития медуллярного рака, выраженной лимфоидной инфильтрацией, выраженным лечебным патоморфозом вплоть до полной регрессии. Установлено, что выживаемость боль­ных наследственным раком органов женской репродуктивной системы значительно выше, чем в общей груп­пе больных, независимо от стадии и проводимого лечения: 5-летняя выживаемость больных наследственным раком молочной железы составляет 75% (общепопуляционная - 43%)

Гены BRCA1 и BRCA2 не являются строго специфичными для РМЖ. Патологический генотип BRCA1/2 по­вышает риск возникновения рака яичников, желудка, толстой кишки, эндометрия, поджелудочной железы, мочевого пузыря, опухолей головы и шеи, желчевыводящих путей, а также возникновения меланомы.

При проведении секвенирования проводится исследование кодирующих участков генов BRCA1 и BRCA2 (в отличие от других тестов, когда проводится определение конкретных точечных мутаций)

Гены BRCA1 и BRCA2 вместе с другими генами, мутации в которых могут являться причиной онкологических заболеваний входят в панель "Женские наследственные опухоли" и "Наследственные опухолевые синдромы"

Информация об исследовании

Мутация в гене CHEK2 является важным фактором риска рака молочной железы. Мутации в гене CHEK2 относительно распространены и встречаются примерно у 1% пациентов, выполнивших исследование на наследственный рак молочной железы в рамках панели генов. 65% от всех мутаций в гене CHEK2 составляет общеевропейская мутация 1100delC в CHEK2.

Герминальные мутации в гене CHEK2 умеренно повышают риск рака молочной железы у женщин, от 23% до 48%. Текущие рекомендации NCCN по ведению здоровых носителей патогенного варианта CHEK2 включают рассмотрение ежегодного скрининга в виде МРТ молочных желез, начиная с 40 лет.

Кроме того, следует помнить, что мутации в гене CHEK2 также связаны с повышенным риском развития колоректального рака. 

Тест позволяет установить наличие мутаций в гене PIK3CA, в свободно циркулирующей опухолевой ДНК в крови. В основе теста лежит метод жидкостной биопсии, представляющий собой неинвазивный метод выявления мутаций, ассоциированных с развитием опухоли, в образце крови пациента.

Ген PIK3CA кодирует каталитическую субъединицу фермента фосфатидилинозитол -3-киназы (PI3K) – белок p110-alpha. Фермент PI3K участвует во множестве сигнальных путей в клетке, в частности, в пути PI3K/AKT/mTOR, отвечающего за рост и пролиферацию клеток, уход от апоптоза и другие важнейшие клеточные процессы. Повышенная активация этого сигнального пути наблюдается при различных типах рака.

Мутации в гене PIK3CA встречаются при раке толстой кишки, раке молочной железы, раке желудка, глиоме, раке эндометрия, раке яичников, раке легкого и др. Наличие мутаций в гене PIK3CA при раке молочной железы ассоциировано с более благоприятным прогнозом, а при немелкоклеточном раке легкого – с резистентностью к терапии ингибиторами тирозинкиназы EGFR. При раке толстой кишки мутации в гене PIK3CA могут быть ассоциированы с ответом на противоопухолевое лечение аспирином.

В мае 2019 года Управление по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов США  (FDA)  одобрило алпелисиб в комбинации с фулвестрантом для женщин в постменопаузе с гормон рецептор-позитивным (ER+), отрицательным по экспрессии рецептора эпидермального фактора роста (HER2-) метастатическим раком молочной железы и мутацией в гене PIK3CA.

Список мутаций, включенных в исследование:

- c.1624G>A (p.E542K)

- c.1625A>G (p.E542G)

- c.1625A>T (p.E542V)

- c.1633G>A (p.E545K)

- c.1634A>G (p.E545G)

- c.1635G>T (p.E545D)

- c.1636C>G (p.Q546E)

- c.1636C>A (p.Q546K)

- c.1637A>C (p.Q546P)

- c.1637A>G (p.Q546R)

- c.3139C>T (p.H1047Y)

- c.3140A>T (p.H1047L)

- c.3140A>G (p.H1047R)

Диагностика с использованием жидкостной биопсии может быть рекомендована следующим группам пациентов:

• Пациентам с диагностированным раком, как перед назначением терапии, так и в процессе лечения для оценки эффективности терапии.
• Пациентам, находящимся в стадии клинической ремиссии, с целью ранней диагностики прогрессирования заболевания.
• Пациентам после удаления опухоли с целью раннего выявления возможного рецидива.
• Пациентам, у которых нет возможности исследовать ткань опухоли.

Преимущества жидкостной биопсии:

• Для проведения теста не требуется оперативное вмешательство.
• В отличие от стандартных методов инвазивной диагностики, исследования с помощью жидкостной биопсии можно проводить с той частотой, которая необходима для эффективного мониторинга пациента.

Тест обладает высокой чувствительностью и специфичностью, позволяя детектировать мутантные аллели при их содержании в образце вплоть до 0,1-1%

Метод исследования: секвенирование ДНК нового поколения (Next Generation Sequencing, NGS).

Signatera - это первый и единственный тест для молекулярного мониторинга минимальной остаточной болезни, основанный на оценке уровня свободноциркулирующей опухолевой ДНК. 

Определение минимальной остаточной болезни (МОБ) и раннего прогрессирования солидных опухолей достаточно сложная задача для традиционных методов исследования, таких как определение сывороточных онкомаркеров или современных методов визуализации (ПЭТ, МРТ).

SignateraTM (RUO) - это первый анализ свободноциркулирующей ДНК (сцДНК), предназначенный для мониторинга лечения и оценки МОБ, с возможностью обнаружения соматических мутаций в плазме крови при частоте мутантного аллеля < 0.01%.

Рутинные методы обнаружения сцДНК обычно включают анализ частых мутаций в генах, ассоциированных с терапией и прогнозом заболевания. Обычно исследования даже в рамках панелей генов обнаруживают лишь одну или две драйверные мутации в сцДНК. Кроме того, предел обнаружения мутантного аллеля обычно не выше 0.1%. В основе исследования Signatera лежит полное секвенирование экзома первичной опухоли и образца крови. На основе 16 уникальных соматических мутаций изготавливается персональная тест-система, позволяющая обнаруживать эти мутации в цоДНК в плазме.

Основные этапы исследования:

1 этап

Полное секвенирование экзома опухоли и соответствующего образца венозной крови. Анализ данных, диагностика соматических мутаций в опухоли.

2 этап

Выбор 16 клональных соматических мутаций и изготовление индивидуального мультиплексного ПЦР-праймера.

3 этап

Забор венозной крови для проведения жидкостной биопсии.

4 этап

Выделение и подготовка бибилиотек сцДНК с последующей 16-плексной ПЦР.

5 этап

После мультиплексной ПЦР-амплификации выполняется сверхглубокое секвенирование, со средней глубиной 100 000х. Анализ данных с целью обнаружения свободноциркулирущей опухолевой ДНК.

Чувствительность и специфичность исследования Signatera зависит от количества мутантного аллеля в образце плазмы и составляет 67% и 99,9% соответственно, при доле мутантного аллеля 0.03%. Чувствительность достигает 100% при доле мутантного аллеля 0.05%.

Исследование Signatera валидировано и может быть рекомендовано пациентам с 4 типами злокачественных новообразований: немелкоклеточный рак легкого, мышечно-инвазивный рак мочевого пузыря, колоректальный рак, рак молочной железы.

Исследование выполняется в лаборатории Natera (Сан-Карлос, США).

Информация об исследовании

Гены BRCA1 и BRCA2 являются генами онкосупрессорами, вовлеченными в процесс гомологичной репарации двунитевых разрывов ДНК. Мутации в указанных генах приводят к критическим нарушениям процессов репарации, вызывая нестабильность генома, следствием чего являются ускоренные процессы канцерогенеза.

Герминальные мутации в генах BRCA1 и BRCA2 прежде всего ассоциированы с наследственным раком молочной железы и яичников, однако патологический генотип также по­вышает риск возникновения рака желудка, толстой кишки, эндометрия, поджелудочной железы, мочевого пузыря, опухолей головы и шеи, желчевыводящих путей, и меланомы.

Потеря функции генов BRCA1 и BRCA2 (BRCA1/2 ) лежит в основе терапевтического лечения пациентов с раком молочной железы и яичников ингибиторами фермента поли(АДФ-рибозы)-полимеразы (PARP). При блокировании фермента PARP, клетки не способны восстанавливать однонитевые разрывы и во время репликации ДНК однонитевые разрывы становятся двунитевыми. В свою очередь нарушение восстановления двунитевых разрывов вследствие мутаций в генах BRCA1/2 приводит к гибели опухолевых клеток.

PARP-ингибитор олапариб продемонстировал свою эффективность как у пациентов с герминальными, так и у пациентов с соматическими мутациями в генах BRCA1/2. Оценка статуса мутации генов BRCA1/2 в ткани опухоли, полученной из парафиновых блоков  (FFPE), стала рутинным тестом для пациентов с серозным раком яичников высокой степени злокачественности.

Анализ мутаций в генах BRCA1/2 при раке молочной железы и яичников входит в рекомендации ведущих онкологических сообществ в России и за рубежом: Европейского общества медицинской онкологии (European Society for Medical Oncology, ESMO), Национальной онкологической сети США (National Comprehensive Cancer Network, NCCN), Российского общества клинической онкологии (RUSSCO).

Ген PALB2 локализован рядом с геном BRCA2 и функционирует как онкосупрессор. Ген  PALB2 кодирует белок, образующий связь с белком BRCA2 и способствует синхронизации работы при репарации ДНК. Герминальные мутации в гене PALB2 увеличивают риск рака молочной железы и рака поджелудочной железы. Опухоли, несущие соматические или герминальные мутации в гене PALB2 чувствительны к лечению препаратами платины и PARP-ингибиторами.

Метод исследования: секвенирование ДНК нового поколения (Next Generation Sequencing, NGS). Анализ всей кодирующей последовательности генов BRCA1, BRCA2, PALB2.

Информация об исследовании

Гены NTRK1, NTRK2 и NTRK3 кодируют 3 основных рецептора семейства тропомиозин-киназ (Trk): TrkA, TrkB и TrkC. Эти рецепторные тирозинкиназы экспрессируются в нервной ткани и играют важную роль в физиологичном развитии и функционировании нервной системы посредством активации нейротрофина, имеющего основополагающее значение для развития и функционирования головного мозга.

В злокачественных новообразованиях транслокации с участием генов NTRK приводят к изменению тропомиозин-киназ, способных активировать сигнальные пути, связанные с пролиферацией опухолевых клеток. Транслокации NTRK являются опухоль-независимыми, и встречаются в различных солидных опухолях независимо от первичной локализации.  

Частота встречаемости транслокаций NTRK при различных новообразованиях

ГИСО - Гастроинтестинальная стромальная опухоль, ОЛЛ - Острый лимфобластный лейкоз, ОМЛ - Острый миелоидный лейкоз, ММ – множественная миелома

Управление по контролю качества пищевых продуктов и лекарственных средств США (FDA) одобрило препарат ларотректиниб, ингибитор тропомиозин-рецепторной киназы для пациентов с любыми метастатическими солидными опухолями, имеющими транслокации с участием генов NTRK. В клинических исследованиях препарат продемонстрировал высокую общую частоту ответа (75%) у взрослых и детей с различными новообразованиями. Также FDA предоставило право на приоритетное рассмотрение экспериментальному препарату энтректиниб, ингибитору тирозинкиназ TrkA, TrkB и TrkC, ROS1 и ALK. Оба препарата преодолевают гематоэнцефалический барьер и могут быть эффективными при лечении метастазов в головной мозг и при лечении глиобластомы.

Метод исследования: FISH с тремя зондами: NTRK1, NTRK2, NTRK3

Информация об исследовании

PCA3 – ген, расположенный на коротком плече 9 хромосомы в локусе 9q21.2 и кодирующий динную некодирующую РНК. Повышенная экспрессия РНК-продукта гена PCA3 наблюдаетсяв клеткахопухоли предстательной железы и не характерна для других тканей; кроме того, при доброкачественных опухолях предстательной железы оверэкспрессии гена не наблюдается. Впервые система диагностики рака предстательной железы (РПЖ), основанная на количественной оценке РНК PCA3, была апробирована в Голландии. Исследование показало значимую корреляцию между уровнем PCA3 в клеточном осадке мочи и высоким риском обнаружения РПЖ по результатам биопсии. Позже подобная тест-система была разработана в России и стала доступной для широкого использования в урологической практике.

До недавнего времени стандартным методом диагностики РПЖ был анализ крови на ПСА (простатический специфический антиген). Этот метод имеет ряд недостатков, связанных, в первую очередь, с тем, что ПСА – это органоспецифичный маркер, а не опухолеспецифичный. Широкое использование данного метода привело к гипердиагностике РПЖ: число «излишних», отрицательных биопсий у пациентов с повышенным ПСА (4-10 нг/мл) достигает 70-80%, а РПЖ диагностируется только у каждого четвертого.

 Высокая специфичность теста на PCA3 позволяет снизить число «ненужных» биопсий. Пороговое значение уровня PCA3 в 35 баллов позволяет четко определить показания для проведения первичной или повторной биопсии.

 Маркер PCA3 является независимым предиктором РПЖ, исследование которого в настоящее время включено в современные предоперационные номограммы. Проведение теста на определение уровня PCA3 рекомендуется всем пациентам с подозрением на РПЖ.

Метод исследования: обратная транскрипция с последующей количественной полимеразной цепной реакцией (ПЦР).

Информация об исследовании

Тест позволяет установить наличие мутаций в 3 генах, ассоциированных с колоректальным раком (раком толстой кишки, РТК): BRAF, KRAS, NRAS.

Информация о наличии в опухоли мутаций (молекулярном профиле опухоли) может помочь врачу оценить прогноз развития заболевания, а также принять решение о выборе противоопухолевой терапии.

Так, например, наличие активирующей мутации в 600 кодоне 15 экзона гена BRAF (V600) больным колоректальным раком не рекомендовано назначение ингибиторов EGFR (панитумумаба или цетуксимаба), поскольку вероятность ответа опухоли на терапию у них значительно снижена. Анализ мутаций в гене BRAF при РТК входит в рекомендации ведущих онкологических сообществ в России и за рубежом: Европейского общества медицинской онкологии (European Society for Medical Oncology, ESMO), Национальной онкологической сети США (National Comprehensive Cancer Network, NCCN), Российского общества клинической онкологии (RUSSCO).

Наличие мутации в гене KRAS или NRAS при РТК также делает опухоль нечувствительной к ингибиторам EGFR. Исследование этих генов входит в рекомендации по лечению РТК NCCN и RUSSCO.

Метод исследования: секвенирование ДНК нового поколения (Next Generation Sequencing, NGS).

Информация об исследовании

Панель «Наследственный рак толстой кишки» позволяет установить наличие врожденных (герминальных) патогенных мутаций в 13 генах, достоверно ассоциированных с повышенным риском развития рака толстой кишки (РТК).

Список генов, входящих в панель: APC, BMPR1A, CHEK2, EPCAM, MLH1, MSH2, MSH6, MUTYH, PMS2, PTEN, SMAD4, STK11, TP53.

Согласно статистике, 5-10% всех случаев РТК являются наследственными и обусловлены наличием патогенных мутаций в т.н. генах «высокого риска». Наличие таких мутаций у индивидуума повышает риск образования РТК вплоть до 100% к определенному возрасту. Например, при семейном аденоматозном полипозе риск развития РТК у пациентов в возрасте 40 лет достигает 100% в случае, если не была проведена профилактическая колэктомия. У пациентов с синдромом Линча РТК в течение жизни развивается в 80% случаев. Вероятность развития РТК у пациентов с мутациями в гене MUTYH может варьировать от 43% до 100% в случае отсутствия своевременных превентивных мер.

Диагностика с использованием панели «Наследственный рак толстой кишки» может быть рекомендована в следующих случаях:

• При наличии у исследуемого лица близких родственников с РТК или раком эндометрия, диагностированным в возрасте до 50 лет.
• При наличии у исследуемого лица в семейном анамнезе наследственных опухолевых синдромов, таких как, например, синдром Линча, синдром Коудена, семейный аденоматозный полипоз, и других.
• При наличии у исследуемого лица аденоматозного полипоза неизвестной этиологии.

Согласно рекомендациям NCCN (National Comprehensive Cancer Network, Национальная онкологическая сеть США), наличие у исследуемого лица патогенной мутации или мутаций в одном из генов, ассоциированных с повышенным риском развития РТК, должно учитываться врачом при оценке риска заболевания и дальнейшем обсуждении с пациентом мер по ранней диагностике (колоноскопия) или предотвращению (полипэктомия, колэктомия) развития опухоли.

В основе диагностики с использованием панели «Наследственный рак толстой кишки» лежит метод высокопроизводительного секвенирования ДНК (Next Generation Sequencing, NGS) со средним покрытием в кодирующих областях генов и сайтах сплайсинга не менее 80х.

Информация об исследовании

Панель «Женские наследственные опухоли» позволяет установить наличие врожденных (герминальных) патогенных мутаций в 17 генах, достоверно ассоциированных с повышенным риском развития рака молочной железы (РМЖ), рака яичников и рака эндометрия.

Список генов, входящих в панель: ATM, BRCA1, BRCA2, BRIP1, CDH1, CHEK2, EPCAM, MLH1, MSH2, MSH6, PALB2, PMS2, PTEN, RAD51C, RAD51D, STK11, TP53.

Согласно статистике, 5-10% всех случаев РМЖ, 15-25% случаев рака яичников и »10% случаев рака эндометрия являются наследственными и обусловлены наличием патогенных мутаций в генах, ассоциированных с развитием соответствующего типа опухоли. Наличие таких мутаций у индивидуума повышает риск образования опухоли молочной железы, яичников или эндометрия в течение жизни, по разным оценкам, вплоть до 20-90%.

Диагностика с использованием панели «Женские наследственные опухоли» может быть рекомендована в следующих случаях:

• При наличии у исследуемого лица близких родственников с РМЖ или раком яичников, диагностированным в возрасте до 45 лет.
• При наличии у исследуемого лица в семейном анамнезе наследственных опухолевых синдромов, таких как, например, синдром Ли-Фраумени, синдром Линча, синдром Коудена, и других.
• В случае невыявления у больного с РМЖ или раком яичников известных патогенных мутаций в генах BRCA1 и BRCA2 с помощью таргетного анализа отдельных мутаций.

Согласно рекомендациям NCCN (National Comprehensive Cancer Network, Национальная онкологическая сеть США), наличие у исследуемого лица патогенной мутации или мутаций в одном из генов, ассоциированных с повышенным риском развития РМЖ или рака яичников, должно учитываться врачом при оценке риска заболевания и дальнейшем обсуждении с пациентом мер по ранней диагностике (регулярное МРТ-обследование) или предотвращению (профилактическая мастэктомия или оофорэктомия) развития опухоли.

В основе диагностики с использованием панели «Женские наследственные опухоли» лежит метод высокопроизводительного секвенирования ДНК (Next Generation Sequencing, NGS) со средним покрытием в кодирующих областях генов и сайтах сплайсинга не менее 80х.

Информация об исследовании

Продуктом гена ALK является белок, который функционирует как рецепторная тирозинкиназа.

При многих видах опухолей белок ALK имеет измененную активность, приводящую к нарушению нормальной работы клеток. Транслокации гена ALK изначально были обнаружены у пациентов с анапластической крупноклеточной лимфомой, а позже при других типах лимфом, нейробластоме, миофибробластных опухолях, раке легких, кишечника, яичников. При немелкоклеточном раке легких транслокации гена ALKдетектируются в 3-7% случаев.

Для пациентов с транслокациями гена ALK показана достаточно высокая эффективность терапии ингибитором ALK-киназ препаратом кризотиниб (халкори), и повышенная чувствительность к терапии игибиторами HSP90 (ретаспимицин, ганетеспиб).

Напротив, терапия ингибиторами EGFR тирозинкиназ у таких пациентов будет неэффективной. Таким образом, определение транслокаций гена ALK у пациентов с немелкоклеточным раком легких позволит назначить наиболее адекватную терапию.

 Метод исследования: Флуоресцентная in situ гибридизация (FISH).

Информация об исследовании

Ген ERBB2 (Her-2/Neu) кодирует белок, который является рецептором эпидермального фактора роста и обладает тирозинкиназой активностью. Амплификация гена ERBB2 вызывает постоянную активацию белка, независимую от внешних стимулов, и наблюдается при многих видах опухолей, таких как рак простаты, легких, рак кишечника, карцинома яичников.

Гиперэкспрессия ERBB2 отмечена примерно в 20% инвазивного рака груди и, при отсутствии специализированной терапии, ассоциируется с плохим прогнозом. Her-2 позитивный рак груди имеет тенденцию к более агрессивному течению в сравнении с другими типами этого заболевания, и хуже отвечает на гормональную терапию.

Терапия препаратом герцептин (трастузумаб) основана на его целевом связывании с белком ERBB2, и является эффективной у пациентов с Her-2 позитивным раком груди. Определение статуса гена ERBB2 (Her-2/Neu) рассматривается как обязательная диагностическая процедура при назначении терапии пациентам с раком груди.

Метод исследования: Флуоресцентная in situ гибридизация (FISH).

Информация об исследовании

Ген RETявляется прото-онкогеном и кодирует белок, являющийся рецепторной тирозинкиназой.  При активации специфическим  лигандом, белок RET запускает внутриклеточные процессы, связанные с пролиферацией и выживанием клетки.  Геномные изменения в гене RET обнаружены при многих типах опухолей, таких как медуллярная тиреодная карцинома, множественные эндокринные неоплазии, феохромоцитома, наследственные формы рака. Транслокации гена RET детектируются в 10-20% спорадического папиллярного тиреодного рака, и примерно в 1-2% у пациентов с аденокарциномой легких. Для пациентов  с медуллярным раком щитовидной железы показано назначение препарата вандетаниб, а у пациентов с папиллярным или фолликулярным раком щитовидной железы – препарата сорафениб. Оба препарата  являются многоцелевыми киназными ингибитороми, продемонстрирована их более высокая эффективность у пациентов с раком щитовидной железы с транслокациями гена RET. У пациентов с аденокарциномой легких с транслокациями гена RET использованиеингибиторов тирозинкиназ кабозантиниба и вандатиниба также демонстрирует обнадеживающие результаты. Диагностика транслокаций гена RET у пациентов с немелкоклеточным раком легких и у пациентов с раком щитовидной железы поможет определиться в выборе терапии.

Метод исследования: Флуоресцентная in situ гибридизация (FISH).

Информация об исследовании

БелокROS1 является рецепторной тирозинкиназой, относящейся к семейству инсулиновых рецепторов. Хромосомные перестройки, включающие ген ROS1, идентифицированы при глиобластомах, немелкоклеточном раке легких, холангиокарциноме. Транслокации гена ROS1 приводят к нерегулируемой тирозинкиназной активности белка, что вызывает усиление клеточного роста и пролиферации, и ингибирование апоптоза.

При немелкоклеточном раке легких транслокации гена ROS1 встречаются примерно в 2 % случаев.

Для пациентов с транслокациями гена ROS1 продемонстрирована эффективная терапия препаратом кризотиниб, который является специфическим ингибитором ALK/MET/ROS1 тирозинкиназ. Ответ на терапию игибиторами EGFR тирозинкиназ (эрлотиниб, гефитиниб) у таких пациентов снижен.

Проведение теста на транслокации гена ROS1 у пациентов с немелкоклеточным раком легких позволит определить наиболее подходящую для них терапию.

Метод исследования: Флуоресцентная in situ гибридизация (FISH).