Опухоль - это генетическое заболевание, причиной которого является повреждение хромосом клетки. При этом некоторые участки хромосом, которые несут антионкогены или гены супрессоры исчезают, а другие участки, которые несут онкогены, вызывающие опухоль, наоборот, появляются в большем количестве.
Такое явление называется хромотрипсис, и оно присутствует в большинстве опухолей человека. Понимание структурных хромосомных изменений в опухоли дает прогноз развития заболевания и является ключом к подбору правильного лечения многих опухолей.
Тест Онкоскан показывает даже мелкие структурные нарушения в хромосомах клетки. При этом исследуются все хромосомы и гены, связанные с развитием опухоли.
Почему в анализе солидных опухолей важную роль играет полногеномное определение числа копий?
- Значимость изменния числа копий (делеций и амплификаций) установлена для большого числа онкогенов.
- Количество и сложность аберраций указывает на прогноз для многих солидных опухолей.
- Выявление аберраций в субклонах и оценка эволюции клонов играют решающую роль в принятии решений относительно выбора правильного лечения.
- Разрешающая способность в 50–100 тысяч нуклеотидов по ~900 онкогенам.
- Определение полногеномного числа копий с разрешением в 300 тысяч нуклеотидов для всех других генов.
- Полногеномное определение участков с потерей гетерозиготности (LOH) при нормальной копийности генов.
- Высокий динамический диапазон, составляющий более 10 копий.
- Подтвержденное соответствие по выявленным FISH амплификациям ключевых опухолевых генов, в том числе ERBB 2 (Her 2), EGFR, MDM 2, MYC, FGFR 1 и др.
- Соматические мутации, определяющие эффективность таргетной терапии.
Получение полногеномного анализа числа копий и профилей потери гетерозиготности (LOH) на основе проб солидной опухоли представляет собой значительную сложность в силу того, что приходится работать с ограниченным количеством ДНК из значительно нарушенных проб FFPE.
Простой метод, основанный на полногеномном сканировании, позволяет избежать традиционно однолокусного, основанного на низком разрешении и страдающего от «узких мест в системе», анализа по методам FISH и PCR.
Несмотря на то, что технологии секвенирования следующего поколения подтвердили возможность применения при выявлении мутаций, поблемы с таргетным обогащением материала и многократным покрытием одного участка при секвенировании, сложностью получения статистически достоверных данных о числе копий генов по гетерогенным FFPE-образцам, делают такой анализ трудной задачей.
Технология FFPE OncoScan™, дает возможность провести полногеномное исследование числа копий с выявлением участков с потерей гетерозиготности LOH, при улучшенном разрешении по ~900 опухолевым генам, и определить статус часто исследуемых соматических мутаций, и все это на материале одной и той же пробы. Данные возможно получить на основе всего 80 нг ДНК из FFPE-пробы.
Рисунок 1. Молекулярные подмножества меланомы.
Сравнительная характеристика обычного цитогенетического метода, FISH и хромосомного микроматричного анализа.
| Обычная цитогенетика | Флуоресцентная гибридизация (FISH) | Хромосомный микроматричный анализ |
|---|---|---|
| РЕКОМЕНДАЦИИ ПО ПРИМЕНЕНИЮ | ||
| Диагностика, прогнозирование и мониторинг миелодиспластического синдрома | В сочетании с обычной цитогенетикой, повышает точность диагностики. FISH является более чувствительным, чем обычный цитогенетический анализ при обнаружении клональных аномалий. | Тест выбора для больных миелодиспластическим синдромом с нормальным кариотипом. Позволяет обнаруживать очень мелкие изменения, которые могут определять прогноз и тактику лечения пациентов с миелодиспластическим синдромом, которые имеют нормальный кариотип. |
| ОГРАНИЧЕНИЯ | ||
| Не может быть использован для мониторинга миелодиспластического синдрома у пациентов с нормальным кариотипом. Более чем у половины больных МДС имеют нормальный кариотип. | Не может быть использован для мониторинга миелодиспластического синдрома, пока не выявлена точная аномалия. | Метод позволяет обнаружить только хромосомный дисбаланс (делеции и дупликации), несбалансированные транслокации и потерю гетерозиготности. Не обнаруживаются сбалансированные перестройки и такие перестройки, как инверсии и сбалансированное вставки. Не может быть использован для минимальной остаточной болезни, потому что тест не определяет низкий уровень мозаицизма (< 10%). |
| КОММЕНТАРИИ | ||
| Не удается обнаружить потерю гетерозиготности (LOH), не связанную с делециями. Успех зависит от скорости роста опухолевых клеток в культуре. Часто невозможноопределить конкретную структуру нарушений в связи с несколькими сложными перестройками хромосом. | Не удается обнаружить потерю гетерозиготности (LOH), не связанную с делециями. Можно оценивать только несколько локусов, с использованием конкретных зондов. Изменения, присутствующие в другом локусе или на другой хромосоме, не будут идентифицированы. | Использование с другими методами позволяет получить полную генетическую характеристику миелодиспластического синдрома. Более чувствительный, по сравнению с исследованием кариотипа, и позволяет обнаруживать изменения, которые не обнаруживаются кариотипированием и FISH анализом (например, генетические аномалии, в отношении которых был показан плохой прогноз при миелоидных злокачественных новообразованиях). Позволяет обнаружить МДС-связанные несбалансированные аномалии и потерю гетерозиготности (LOH) у больных миелодиспластическим синдромом с нормальным кариотипом (например, такие однородительские дисомии, как UPD7q, UPD11q и UPD17p). |
Новые презентации с семинаров и конференций по молекулярной онкологии
- Более 900 онкогенов.
- 80 соматических мутаций.
- Анализ числа копий генов.
- Анализ участков с потерей гетерозиготности.
- Результат в течение 48 часов.