Среди других генетических причин как женского, так и мужского бесплодия имеются небольшие маркерные хромосомы (дополнительные врагменты хромосом иногда видимые под микроскопом). Малые маркерные хромосомы (sSMC) представляют собой структурно ненормальные хромосомы, которые нельзя однозначно идентифицировать путем кариотипирования Импликация sSMC в бесплодии может быть вызвана частичной трисомией некоторых генов, но также и механическими эффектами, нарушающими мейоз. Чтобы идентифицировать sSMC, необходимо перейти к хромосомному анализу с помощью кариотипирования высокой четкости и ли полному секвенированию генома.