Медико-генетический центр
лаборатория молекулярной патологии
Бесплатная горячая линия:
8 (495) 660-83-77

Онкоскан

Опухоль - это генетическое заболевание, причиной которого является повреждение хромосом клетки. При этом некоторые участки хромосом, которые несут антионкогены или гены супрессоры исчезают, а другие участки, которые несут онкогены вызывающие опухоль наоборот появляются в большем количестве.

Такое явление называется хромотрипсис и оно присутствует в большинстве опухолей человека. Понимание структурных хромосомных изменений в опухоли дает прогноз развития заболевания является ключом к продбору правильного лечения для многих опухолей.

Тест Онкоскан показывает даже мелкие структурные нарушения в хромосомах клетки. При этом исследуются все хромосомы и гены, связанные с развитием опухоли.

Почему в анализе солидных опухолей важную роль играет полногеномное определение числа копий?

  • Значимость изменния числа копий (делеций и амплификаций) установлена для большого числа онкогенов.
  • Количество и сложность аберраций указывает на прогноз для многих солидных опухолей.
  • Выявление аберраций в субклонах и оценка эволюции клонов играют решающую роль в принятии решений относительно выбора правильного лечения.
Полногеномное определение количества копий и участков с потерей гетерозиготности (LOH), исследование опухолевых клеток с высокой разрешающей способностью, плюс соматические мутации, и все это в одном анализе с помощью микроматрицы FFPE OncoScan™.
  • Разрешающая способность в 50–100 тысяч нуклеотидов по ~900 онкогенам.
  • Определение полногеномного числа копий с разрешением в 300 тысяч нуклеотидов для всех других генов.
  • Полногеномное определение участков с потерей гетерозиготности (LOH) при нормальной копийности генов.
  • Высокий динамический диапазон, составляющий более 10 копий.
  • Подтвержденное соответствие по выявленным FISH амплификациям ключевых опухолевых генов, в том числе ERBB 2 (Her 2), EGFR, MDM 2, MYC, FGFR 1 и др.
  • Соматические мутации, определяющие эффективность таргетной терапии.

Получение полногеномного анализа числа копий и профилей потери гетерозиготности (LOH) на основе проб солидной опухоли представляет собой значительную сложность в силу того, что приходится работать с ограниченным количеством ДНК из значительно нарушенных проб FFPE.

Простой метод, основанный на полногеномном сканировании, позволяет избежать традиционно однолокусного, основанного на низком разрешении и страдающего от «узких мест в системе» анализа по методам FISH и PCR.

Несмотря на то, что технологии секвенирования следующего поколения подтвердили возможность применения при выявлении мутаций, поблемы с таргетным обогащением материала и многократным покрытием одного участка при секвенировании, сложностью получения статистически достоверных данных о числе копий генов по гетерогенным FFPE-образцам, делают такой анализ трудной задачей.

Технология FFPE OncoScan™, дает возможность провести полногеномное исследование числа копий с выявлением участков с потерей гетерозиготности LOH, при улучшенном разрешении по ~900 генов опухолевым генам и определить статус часто исследуемых соматических мутаций, и все это на материале одной и той же пробы. Данные возможно получить на основе всего 80 нг ДНК из FFPE-пробы.

Рисунок 1. Молекулярные подмножества меланомы.

Сравнительная характеристика обычного цитогенетического метода, FISH и хромосомного микроматричного анализа.

Обычная цитогенетика Флуоресцентная гибридизация (FISH) Хромосомный микроматричный анализ
РЕКОМЕНДАЦИИ ПО ПРИМЕНЕНИЮ
Диагностика, прогнозирование и мониторинг миелодиспластического синдрома В сочетании с обычной цитогенетикой, повышает точность диагностики. FISH является более чувствительным, чем обычный цитогенетический анализ при обнаружении клональных аномалий. Тест выбора для больных миелодиспластическим синдромом с нормальным кариотипом Позволяет обнаруживать очень мелкие изменения, которые могут определять прогноз и тактику лечение пациентов с миелодиспластическим синдромом, которые имеют нормальный кариотип..
Флуоресцентная гибридизация (FISH)
В сочетании с обычной цитогенетикой, повышает точность диагностики. FISH является более чувствительным, чем обычный цитогенетический анализ при обнаружении клональных аномалий.
Хромосомный микроматричный анализ
Тест выбора для больных миелодиспластическим синдромом с нормальным кариотипом Позволяет обнаруживать очень мелкие изменения, которые могут определять прогноз и тактику лечение пациентов с миелодиспластическим синдромом, которые имеют нормальный кариотип..
ОГРАНИЧЕНИЯ
Не может быть использован для мониторинга миелодиспластического синдрома у пациентов с нормальным кариотипом. Более чем у половины больных МДС имеют нормальный кариотип. Не может быть использован для мониторинга миелодиспластического синдрома, пока не выявлена точная аномалия. Метод позволяет обнаружить только хромосомный дисбаланс (делеции и дупликации), несбалансированные транслокации и потерю гетерозиготности. Не обнаруживаются сбалансированные перестройки и такие перестройки как инверсии и сбалансированное вставки. Не может быть использован для минимальной остаточной болезни, потому что тест не определяет низкий уровень мозаицизма (< 10%).
Флуоресцентная гибридизация (FISH)
Не может быть использован для мониторинга миелодиспластического синдрома, пока не выявлена точная аномалия.
Хромосомный микроматричный анализ
Метод позволяет обнаружить только хромосомный дисбаланс (делеции и дупликации), несбалансированные транслокации и потерю гетерозиготности. Не обнаруживаются сбалансированные перестройки и такие перестройки как инверсии и сбалансированное вставки. Не может быть использован для минимальной остаточной болезни, потому что тест не определяет низкий уровень мозаицизма (< 10%).
КОММЕНТАРИИ
Не удается обнаружитьпотерю гетерозиготности (LOH) не связанную с делециями. Успех зависит от скорости роста опухолевых клеток в культуре. Часто невозможноопределить конкретную структуру нарушений в связи с несколькими сложными перестройками хромосом. Не удается обнаружить потерю гетерозиготности (LOH) не связанную с делециями. Можно оценивать только несколько локусов, с использованием конкретных зондов. Изменения присутствующие в другом локусе или на другой хромосоме не будут идентифицированы. Использование с другими методамипозволяет получить полную генетическую характеристику миелодиспластического синдрома Более чувствительный по сравнению с исследованием кариотипа и позволяет обнаруживать изменения, которые не обнаруживаются кариотипированием и FISH анализом. (например, генетические аномалии, в отношении которых был показан плохой прогноз при миелоидных злокачественных новообразованиях) Позволяет обнаружить МДС-связанные несбалансированные аномалии и потерю гетерозиготности(LOH) у больных миелодиспластическим синдромом с нормальным кариотипом (например, такие однородительские дисомии как UPD7q, UPD11q и UPD17p)
Флуоресцентная гибридизация (FISH)
Не удается обнаружить потерю гетерозиготности (LOH) не связанную с делециями. Можно оценивать только несколько локусов, с использованием конкретных зондов. Изменения присутствующие в другом локусе или на другой хромосоме не будут идентифицированы.
Хромосомный микроматричный анализ
Использование с другими методамипозволяет получить полную генетическую характеристику миелодиспластического синдрома Более чувствительный по сравнению с исследованием кариотипа и позволяет обнаруживать изменения, которые не обнаруживаются кариотипированием и FISH анализом. (например, генетические аномалии, в отношении которых был показан плохой прогноз при миелоидных злокачественных новообразованиях) Позволяет обнаружить МДС-связанные несбалансированные аномалии и потерю гетерозиготности(LOH) у больных миелодиспластическим синдромом с нормальным кариотипом (например, такие однородительские дисомии как UPD7q, UPD11q и UPD17p)

Новые презентации с семинаров и конференций по молекулярной онкологии

Whole Genome Copy Number Analysis in Stratification and Differential Diagnosis of Brain Tumor Patients – Experiences in more than 600 FFPE brain tumor biopsies
Torsten Pietsch, MD
Professor and Chairman, Department of Neuropathology, Brain Tumor Reference Center, University of Bonn, Germany
Generating high-quality whole-genome copy number data using limited DNA from FFPE on Affymetrix' OncoScan™ platform
Stéphane Minvielle, PhD
Director, Integrative Oncogenomics of Multiple Myeloma Pathogenesis and Progression INSERM, Nantes, France
Breast cancer signature discovery and validation: Results from a retrospective study using archived and highly degraded FFPE on the (Molecular Inversion Probe) MIP based OncoScan™ FFPE solution
Patricia Thompson, PhD
Associate Professor, Cellular and Molecular Medicine Leader, Cancer Prevention and Control Program, University of Arizona Cancer Center
Beta testing of the new OncoScan™ FFPE Assay Kit: Data on FISH confirmed aberrations in key cancer genes across multiple solid tumor tissues
Sarah South, PhD, FACMG
Medical Director, Cytogenetics, Genetics Processing and Genomic Microarray, ARUP Laboratories, University of Utah, Departments of Pediatrics and Pathology
Identifying genomic biomarkers for translation in pediatric cancer using OncoScan™ FFPE Express
Joshua Schiffman, MD
Assistant Professor of Pediatric Hematology and Oncology, University of Utah, USA
Identification of prognostic biomarkers in solid and hematologic malignancies by SNP-based copy number analysis
Eugène T.P. Verwiel
Bioinformatician, Radboud University Nijmegen Medical Center, Nijmegen, The Netherlands
Affymetrix OncoScan™* data analysis with Nexus Copy Number™
Zhiwei Che, PhD
Director of Application Science, BioDiscovery Inc, USA
  • Более 900 онкогенов.
  • 80 соматических мутаций.
  • Анализ числа копий генов.
  • Анализ участков с потерей гетерозиготности.
  • Результат в течение 48 часов.
Остались вопросы?
Звоните нам по телефону федеральной горячей линии 8-800-333-45-38 или обращайтесь к нашим партнерам.
Подпишитесь на наш Instagram
Подписаться
© 2020 - Геномед - медико-генетический центр