![Секвенирование NGS](/assets/cache_image/article/ngs_270x290_2d6.jpg)
Фрагментный анализ
![](/assets/cache_image/article/fragmentniy-analiz_1250x600_dfb.jpg)
Электрофорез фрагментов ДНК обеспечивает разделение этих фрагментов при их распределении в агарозном или полиакриламиднм геле. Фрагменты ДНК движутся в геле, помещенном в постоянное электрическое поле, от отрицательного полюса к положительному в зависимости от размеров (чем больше относительная молекулярная масса фрагмента, тем медленнее он движется в электрическом поле). После окончания электрофореза каждый фрагмент ДНК занимает определенное положение в виде дискретной полосы в конкретном месте геля. Длину каждого фрагмента можно определить путем сравнения пройденного фрагментом расстояния с расстоянием, пройденным стандартным образцом ДНК с известными размерами.
![электрофорез ДНК в геле](assets/images/1152026941.jpg)
Электрофорез ДНК в геле
Визуализация и идентификация фрагментов ДНК в геле становятся либо конечным этапом диагностики, либо элементом дальнейшего анализа.
Визуализация фрагментов ДНК после ПЦР осуществляется сравнительно легко. После окончания ПЦР проводят электрофорез в агарозном геле, после чего гель обрабатывают этидия бромидом, который связывается с ДНК. При ультрафиолетовом облучении поверхности геля выявляется свечение в красной области спектра.
Разработаны и другие методы окраски ПЦР-фрагментов. В некоторых вариантах методов возможна автоматическая регистрация результатов.
Идентификацию конкретных фрагментов в геле среди геномной ДНК провести труднее. Из-за больших размеров генома человека после рестрикции образуется так много рестриктных фрагментов, что агарозный гель после электрофореза и окраски этидия бромидом в ультрафиолетовых лучах выглядит более или менее равномерно окрашенным.
Рестрикционный анализ
Рестрикция ДНК на фрагменты, необходимый этап молекулярно-генетической диагностики, осуществляется рестриктазами, относящимися к группе бактериальных эндонуклеаз. В генетике человека используют несколько десятков разных рестриктаз. Они способны разрывать двухцепочечную ДНК в пределах строго определенных для каждого фрагмента последовательностей нуклеотидов протяженностью 4-6 пар оснований (редко больше). При обработке геномной ДНК рестриктазой получается закономерный для данного фермента набор фрагментов различной длины.
STR анализ
Короткий тандемный повтор (буквальный перевод англ. short tandem repeat, STR) — повтор двух или более пар непосредственно примыкающих друг к другу нуклеотидов в последовательности ДНК. Например, в локусе DYS391 может быть 12 повторов из четырех нуклеотидов ... TCTA TCTA TCTA TCTA TCTA TCTA TCTA TCTA TCTA TCTA TCTA TCTA ... Такое количество повторов можно записать как DYS391=12. Количество STR-маркеров составляет около 10 000 и они применяются как правило для анализа родственных отношений или же для идетнификации личности по ДНК. Анализируя небольшое количество разных типов повторов (называемых ДНК-маркерами) в генотипе человека можно получить его уникальный генетический профиль, который используется для анализа в целях установления родства. В настоящее время установление отцовства и других видов родства в основном проводят по 16 аутосомным STR-маркерам, но уже существуют системы с большим количеством ДНК-маркеров.
![STR анализ](assets/images/1152027458.jpg)
Анализ микросателлитных маркеров (STR)
MLPA
Метод, позволяющий определять наличие дополнительныхкопий (до 50) разных геномных ДНК или РНК последовательностей, который также может обнаружить последовательности, отличающиеся всего одним нуклеотидом.
![принцип MLPA](assets/images/fragmentniy-analiz_snaghtml70cedeb.png)
Предлагаемая нами диагностика, основанная на полимеразной цепной реакции с детекцией на капиллярном электрофорезе, способна преодолеть указанные недостатки. Анализ обеспечивает выявление премутации путем точного определения размеров аллелей до 200 повторов CGG и идентификацию полномутационных аллелей CGG как у мужчин, так и у женщин, идентифицировать AGG перерывы. Это позволяет использовать такой диагностический тест при определении синдрома ломкой хромосомы X и всех типов связанных с нею расстройств, таких как: тремор-атаксический синдром (FX-TAS) и первичная недостаточность яичников (FX-POI), а также выявлять риск экспансии повторов до полной мутации в следующем поколении у пациентов с премутацией, что дает возможность информировать родителей о вероятности возникновения синдрома ломкой Х хромосомы у детей.
![электрофореграмма панели ВОЗ](assets/images/1126858464.jpg)
![электрофореграмма при AGG перерывах на аллелях 30 и 60 CGG](assets/images/1126858524.jpg)
Тест предназначен для использования в совокупности с клиническими даннымии другими лабораторными исследованиямис целью диагностики редких генетических заболеваний.
Нажимая на кнопку, вы даете согласие на обработку персональных данных